Kalenin içinde Bizans dönemine ait bir kilise, hamam, ambarlar, zindanlar ve Anadolu’nun ilk tıp eğitiminin verildiği ve 1158 yılında Nizamettin Yağıbasan tarafından yapılan tromplu(Binanın bir bölümünü tutmaya yarayan köşe kubbesi), açık kubbeli olan medrese 1939 depreminde hasar görmüş, Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Niksar belediyesinin katkılarıyla restore edilmiştir.

Esas olarak Pers kökenli Pontus Krallığı zamanında yapıldığı ve adının Kaberia olduğu bilinen Niksar Kalesi, Roma Dönemi’nde eklenen yeni yapılarla günümüzdeki konumuna gelmiştir. Yapıldığında akropol alanını tanımlayan sur duvarları, tipik Roma savunma planı gibi iç, dış ve orta sur duvarları olarak üç ayrı hat oluşturmuştur. 7 ve 9'uncu yüzyıllarda güneyden gelen akınlara karşı güçlendirilen kalede iki hamam, iki mescit, medrese, kilise ve hapishane kalıntıları bulunmaktadır.